יהודים התיישבו במרכז אסיה עוד לפני כיבושה בידי הערבים. עם התפתחות האיסלאם, חוקי קאליף'-עומר השני (שנת 720 לספירה) הוחלו גם על היהודים. על פי חוקים מגבילים אלו , שהתקיימו כ-1000 שנים, יהודים נצטוו ללבוש בגדים מיוחדים על מנת להבדיל בינם לאוכלוסיה המוסלמית. בתים יהודים וחנויות היו צריכים להיות נמוכים יותר מאלה של השכנים המוסלמים. והיהודים חויבו לשלם מעין מס (ג'זיה) מרגע שהגיעו לגיל 13. בנוסף, ליהודים אסור היה לבנות יותר מבית כנסת אחד עבור כל עיר, אסור היה לרכב על סוס בתוך העיר, למכור יין או משקאות חריפים למוסלמים, או להעיד במשפט נגד מוסלמים, אפילו לטובת המוסלמי.

יתרה מזאת, יהודי מרכז אסיה היו מושא לעונשים קשים ומגוונים, הכוללים מיתה אם עברו על אחד מהחוקים הללו. ראיה על ידי כמה מוסלמים היו עילה מספקת נגד היהודי הבוכרי. לפני החלת העונש על היהודי הבוכרי, הוצע לו להמיר את דתו לאסלאם על מנת להמתיק את עונשו ובכך לזכות בחנינה.
קידום המרת דתו של לא מוסלמי היה נחשב לערך עליון באסלאם ואפילו היה מכפר על עבירת שבועת שקר.

הספרות וההיסטוריה הבוכרית מכילות דוגמאות לאומץ רב ותעצומות נפש וכוח אמוני רב שהוצג על ידי היהודים שהואשמו והוצאו להורג עקב סירובם להתאסלם. בו בזמן, עם זאת, יהודים מסוימים לפני ביצוע עונש המוות הוכרחו להתאסלם ולא למות. כמו כן, היו גם מקרים של התאסלמות רצונית עקב החוקים המגבילים והנוקשים, וההבטחות לחיים טובים יותר בצל ענפי האסלאם.

המיסיונרים המוסלמים העדיפו להשיג המרת דתם של היהודים הבכירים בקהילה בדרכים לא –אלימות. זה היה גורם להשפעה עצומה על הקהילה ועל רצונם להתאסלם, ומצד שני היה גורם למעין כבוד לאסלאם שכן ההמרה הייתה נעשית בדרכי שכנוע ולא באלימות ואיומים. ההמרה לאסלאם הייתה מתבצעת על ידי שופט מוסלמי – הקאזי. כל מומר חדש היה מקבל טורבאן מוסלמי וחלוק(גלימה) שאסור היה ללבישה על ידי הלא –מוסלמים. משגיח מוסלמי היה מוצמד לכל מומר חדש , וחובתו הייתה לעזור ולייעץ למומר החדש בנושאי דת ולהשגיח שהוא מבצע את החוקים כראוי.

במקרים מסוימים , משפחות המומרים היו גם כן מתאסלמות. עם זאת, במקרים אחרים, הגברים היו צריכים להתגרש מנשותיהם ולגרש את שכניהם היהודים הבוכרים.ההמרה של הבוכרים לאסלאם נמשכה כנראה במשך כל שליטת המוסלמים במרכז אסיה עם התחזקות הפנאטיזם המוסלמי באסיה.

לצד קיום מצוות האסלאם, חלק מהיהודים הבוכרים המשיכו לקיים בסתר בביתם ובמשך תקופה רבה מאוד את מצוות היהדות. מה עוד שהמרה לדת היהודית הייתה נחשבת לעבירה שעונשה עונש מוות.

עם זאת, הזיקה של ילדי המומרים עם היהדות הייתה נחלשת עם כל דור שעבר.

המוסלמים לא בטחו והסתכלו בעין לא יפה על המומרים החדשים וקראו להם בשם צ'אלה ( לא זה ולא זה בבוכרית, או חצי-חצי), כינוי שהיהודים לשעבר קיבלו כעלבון. כינוי זה אומץ גם על ידי הבוכרים היהודים , למרות שהם התייחסו אל המומרים ביתר סימפטיה ובהבנה. קשרים סודיים נוצרו בין הבוכרים לבין הצ'אלה. חוסר אמון מצד המוסלמים וההפרדה מהיהודים הבוכרים יצרו בידוד מוחלט של הצ'אלה. הם ניסו לחיות יחד באותם הרובעים והשכונות , לקיים אורחות חיים משותפים ולהתחתן אחד עם השני.

המומרים החדשים, על מנת להתרחק מההשגחה המוסלמית עליהם ומפחד מהמוסלמים העדיפו וניסו לגור מחוץ לרבעים היהודים, אך קרוב אליהם. לדוגמא, בבוכרה עצמה המרכז העירוני של הצ'אלה היה קרוב מאוד ליישוב היהודי שם. מרחק של 5 בלוקים עד 7 בלוקים. קרבה זו ליהודים מנעה אסימילציה עם האוכלוסייה המוסלמית.מצד שני, במרכז אסיה, שלא היו בהן שכונות יהודיות , לא הורשו הצ'אלה לבנות בתים משלהם קרוב אחד לשני אלא נצטוו להתערבב בין האוכלוסיה המקומית. במקרים אלו, אובדן שורשי היהדות התרחש מהר מאוד.

המומרים חיו במספר ערים מרכז אסיאתיות ועיירות. נ. מוראביוב, אשר ביקר בטורקסטן בין השנים 1819-1820 , דיווח על כך שמצא יהודים מומרים בחיווה.

עם זאת, כפי שמצוין במסר שנשלח על ידי יהודי סמרקנד לווינה ופורסם בשנת 1891, כ-100 משפחות בחיווה המירו את דתם לאסלאם בסוף המאה ה -18. מה שאומר שבזמן ביקורו של מוראביוב בחיווה , הדור הראשון של המומרים שהוא פגש עוד היה בחיים. הצבא הרוסי, שכבש את חיווה בשנת 1873 , מצא צ'אלה מדור שני או שלישי. הזמן שעבר מאז ההמרה לא היה רב במיוחד, והצ'אלה של חיווה עדיין יכלו לחזור לחיק היהדות. אך מכיוון שרוסיה הרשתה לאמירות החאן להמשיך לשלוט באזור, לא סביר שהוא התיר להם לחזור ליהדות.

כפירה עונשה היה במוות כך שהם חוו שוב את אותו האיום כמו שבשלטון המוסלמי. מחסור טוטאלי ביהודים בחיווה הוביל לאסימילציה עם האוכלוסיה המקומית המוסמלית.

רוב הצ'אלה באמירות הבוכרית התאסלמו בסוף המאה ה -18 ובתחילת המאה ה-19 . על פי הערכה שביצע ג'. וולף שביקר באסיה בשנת 1832 , הצ'אלה בעיר בוכרה לבדה מנו כ-300 משפחות.

בסוף המאה ה- 18, על פי חישוב, שמבוסס על המומחית אולגה סוחרבה, הצ'אלה גרו בבוכרה בשכונות הבאות: אראבאן- 30 בתים; צ'ור קורבנאסאי- 3 בתים; אשוני פיר- 50 בתים; חאג'י אמון-בוי – 10 בתים; מחטאר שאפה – 40 בתים; מיר מאסוד – 17 משפחות; בכל 150 הבתים, חיו כ-10 נפשות בכל אחד כזה. לכן היו 1500 צ'אלה באותה תקופה בבוכרה. עם זאת יתכן וחיו צ'אלה נוספים ברבעים אחרים בעיר.

קבוצות של צ'אלה חיו גם בערים אחרות כגון: קאראטאג, קאטה-קורגן, סמרקנד ושחריסבז. מספרם הכולל של הצ'אלה בתקופת האמירות הבוכרית , ערב הכיבוש הרוסי נאמד על ידי מ.זאנד ב-2000 איש.
צ'אלה נוספים חיו גם באנדיז'אן,חוג'נט,קוקנד, ומרגלן.